Десятилетия, последовавшие за уничтожением Ура, некоторые учёные называют «средневековьем» в истории Месопотамии. О том, что происходило в эти нелёгкие времена, можно догадаться по царским хроникам. Царь Ишби-Эрра укреплял безопасность страны и вёл восстановительные работы. Стремясь укрепить свою власть, он уволил иностранных наёмников, охранявших Ур, и объявил себя наследником царей Ура; однако его власть признали лишь несколько городов, в которые вернулось население, а влиятельный правитель Ларсы время от времени отказывался подчиняться ему.
Пытаясь заручиться поддержкой других богов, Ишби-Эрра поручил жрецам и жрицам возродить культы Нанны, Нингаль и Инанны. Однако сердца людей, по всей видимости, уже принадлежали другим богам: по свидетельству многочисленных текстов «шурпу» («очищения»), Энки и Мардук — с помощью научных знаний Энки (люди считали их «волшебством») — лечили заболевших, очищали воду и делали почву пригодной для сельского хозяйства. В течение следующих пятидесяти лет, когда трон занимали двое преемников Ишби-Эрры, жизнь в стране постепенно входила в нормальное русло: восстанавливалось ремесленное производство и сельское хозяйство, возобновилась международная торговля. Но лишь через семьдесят лет после разрушения святилище в Ниппуре было восстановлено третьим после Ишби-Эрры царём Шумера, Ишме-Даганом.
В 1953 году до нашей эры состоялось освяшение нового храма, посвящённого Энлилю и Нинлиль. Был устроен грандиозный праздник, и именно с этого момента города Шумера и Аккада были официально объявлены обитаемыми.
Однако возвращение к обычной жизни возродило и былое соперничество среди богов. Имя преемника Ишме-Дагана свидетельствует о том, что он был сторонником Иштар. Нинурта быстро положил этому конец, и следующим правителем — последним, носившим шумерское имя, — стал его последователь. Однако притязания Нинурты на возрождённую страну не нашли поддержки: как бы то ни было, а именно он стал причиной несчастий Шумера. Имя следующего правителя свидетельствует, что своё господство на этих землях попытался восстановить Син, однако времена его владычества и возвышения города Ура прошли безвозвратно.
В конце концов Ану и Энлиль данной им властью утвердили притязания Мардука на верховенство в Вавилоне. Это судьбоносное решение увековечил в преамбуле своего свода законов вавилонский царь Хаммурапи:
Когда высокий Ану, царь аннунаков,
и Энлиль, владыка небес и земли,
определяющий судьбу страны,
определили Мардуку, первейшему сыну Эа,
владычество (дословно энлильство)
над всеми людьми, возвеличили его среди
игигов, Вавилон назвали его высоким именем,
сделали его могучим среди частей света
и утвердили в нём вечную царственность.
К вершинам могущества поднялся Вавилон, а затем и Ассирия. Шумера больше не существовало, но в далёкой земле его древнее наследие перешло из рук Авраама и его сына Исаака к Иакову, который получил новое имя — Изра-Эль.